Por ser uma solução bastante flexível, o SEI proporciona formas variadas de utilização de suas funcionalidades, assim como permite a adaptação a diferentes realidades. Por isso, é importante a padronização dos procedimentos nos diversos níveis, tanto por meio da implementação de normas de utilização do sistema, quanto pela padronização de fluxos de trabalho em cada unidade. A instituição de normas e procedimentos proporciona segurança da informação e a organização do trabalho. Padronizações no âmbito das unidades (tais como tipos de documentos, tabelas de temporalidade, metodologias e nomenclaturas comuns) facilitam a utilização de recursos que o sistema oferece, tais como pesquisa e medição de desempenho dos processos.